男性Y染色体异常可做三代试管助孕，当不能生男孩时。因为第三代试管受精可以在胚胎移植前筛查染色体，消除异常染色体胚胎，将正常健康的胚胎移植到女性*腔，从而大大降低下一代遗传的可能性，实现优生学。而男性Y染色体异常一般只会遗传给男孩，不会遗传给女孩，所以通过三代试管助孕只能生女孩，避免传给后代造成不良影响。
正常情况下，男性染色体核型为46，XY，女性染色体核型为46，XX。如果性染色体的数量或结构发生变化，就会引起一系列的疾病。其中，男性Y染色体异常可能导致不孕，但也会导致反复流产、胎儿骤停等情况。
因为女儿是由父母两个X染色体组成的，儿子是由母亲的X染色体和父亲的Y染色体组成的，如果异常只出现在男性Y染色体上，那么怀孕后生女孩不容易出现遗传问题，而生男孩会出现遗传问题。
目前，国内第三种试管受精技术可以实现性别选择，但根据国内有关规定，没有医学指征的情况下不允许试管受精筛选性别。如果染色体异常和性别遗传，可以进行性别筛查，如Y染色体微缺乏男孩会出现儿童代会发病，因此建议进行性别筛查，选择生女孩。
