器质性便秘是指由于脏器的器质性病变所致的便秘，如肠结核（增殖型）、结肠癌、直肠癌等肠道器质性病变引起的便秘，或胃肠道以外其他器官组织的病变或疾病侵及胃肠道而引起的便秘等，均属于这一范畴。因为排便动作是受大脑皮质随意控制的动作，人可以随意地延长排便时间。
在工作繁忙或没有合适的排便地方和条件时，通过大脑皮质和自主神经系统，随意和不随意的反射活动，能使便意缓解，粪便通过直肠的向上逆行蠕动返回乙状结肠，暂时不排便。这种对排便活动的随意控制能力，有利于人适应环境变化和养成定时排便的习惯。但如果经常任意地延长排便时间，久而久之就会使直肠壁上的神经细胞对粪便进人直肠后产生压力的感受性变迟钝，使粪便在直肠内停留时间久而不引起排便反射，无便意感产生，这是直肠性便秘形成的主要原因。
梗阻性便秘多属于器质性便秘，它是由于肠内或肠外的机械性肠梗阻，使肠内容物运行障碍所致。肠内梗阻常见于结肠癌，增殖型肠结核，不完全性肠套迭，肠扭转或结肠狭窄和其他原因所致的肠道梗阻。肠外压迫性梗阻常见于手术后肠粘连、结核性腹膜炎（粘连型）、妊娠等。此种便秘大多起病后会伴有其他症状。患器质性便秘的病人，必须重视原发病的治疗，否则，便秘最终不会得到解决。
