至于后天性心脏病，主要原因有川崎氏症、心肌炎、风湿性心脏病以及高血压引起的心脏疾病等。
川崎氏症
林珊妙医师表示，川崎氏症是一种全身性系统的疾病，是在1961年由日本人川崎富作医师所发现，发生原因不是很清楚，有人认为与基因有关，也有人认为是免疫系统造成。台湾每年每10万名五岁以下幼儿当中，约有增加69个左右的病例。
川崎氏症好发于冬转春季时，会有不明原因高烧5天，眼结膜会红（非过敏）、嘴唇干、红，有草莓舌，淋巴结会肿大。川崎氏症的症状大多会自己恢复，但是若无适当治疗，有25％的病人可能发生冠状动脉瘤，变成后天性心脏病，之后如果动脉破裂或钙化、心血管狭窄，会导致心肌梗塞甚至死亡。
因此，川崎氏症病童至少须追踪3个月到一年，如果没有心血管病变出现，通常无大碍，假如有冠状动脉瘤，则须追踪到心脏血管病变完全恢复为止。若冠状动脉瘤一直存在，则应在儿童心脏科医师门诊定期追踪、按时服药。在治疗方面，急性期会用到高剂量阿司匹林加上施打免疫球蛋白，可以让冠状动脉瘤的发生机率从25％降到5％，烧退后改为低剂量阿司匹林，避免形成血栓。
心肌炎
多与病毒感染有关，例如好发于幼儿的肠病毒71型，或新生儿容易感染的柯沙奇B病毒，心肌炎往往来得又急又快，可能早上出现症状，晚上就死亡。
主要因为病毒侵犯到心脏肌肉，而心脏肌肉必须收缩以提供血液，一旦心肌受损，很容易造成心律不整或心脏衰竭而猝死。
心肌炎无法事先预测，如果孩子有感冒症状，家长必须随时注意，若孩子很喘、哭闹不安、不吃不喝，一旦有怀疑就要尽快送急诊，紧急时可能要用到叶克膜，痊愈后有30％病人可以恢复正常，不过有30％病人会死亡，其他有可能留下后遗症，例如扩张性心肌症，必须长期用药以维持生命或接受手术。
心肌炎的治疗要看病人严重程度，如果症状属于轻微，就像感冒一样影响不大，会自然恢复；假如严重时要放叶克膜让心脏暂时得到休息。
风湿性心脏病
多发生在医疗及卫生条件落后，以及抗生素缺乏的国家，台湾现在已经很少见，主要因为感染A型乙型溶血性链球菌之后，发生自体免疫异常，有些人在心脏会引起慢性发炎，进而造成瓣膜受损。在治疗上急性期最重要的是卧床休息，有心脏衰竭者可以给予药物治疗，最重要的是避免细菌的存在以及再度感染，因此必须使用抗生素（盘尼西林），之后是病人状况定期给予预防性抗生素。
高血压引起的心脏疾病
体重一直在97百分位，将来可能发生冠状动脉问题。
多发生在大一点的青少年，现在因为营养好，幼儿体重过重问题越来越普遍，如果体重一直在97百分位，将来较可能发生冠状动脉问题，进而出现高血压，久而久之会增加心肌压力，而引发心脏病变。所以必须从小时候的饮食开始注意，才能有效预防。
