第三代试管筛查不合格和多种因素有关，例如夫妻年龄比较大，有染色体异常或家族性遗传病史的情况，那么极易导致胚胎染色体异常，而这样的胚胎是无法通过基因检测的，所以最终可能会造成囊胚都不合格的情况。要注意，不合格的囊胚是不能进行移植的，需要重新促排取卵，如果强行移植会造成很大的风险。
第三代试管筛查是检测染色体结构和数目，分析对比胚胎是否存在染色体增多、重复、缺失或易位等异常情况，从而剔除不良的胚胎，筛选出优质健康的囊胚进行移植，但该技术也可能出现囊胚不合格的情况，其原因主要有以下几点：
1、染色体变异
*和卵子成熟过程中发生了减数分裂，此时染色体从两倍体变成单倍体，然后在精卵结合的过程中重新组合成两倍体，如果这个过程出现了错误，胚胎的染色体就会发生数目或者是结构上的变异，这就会导致做三代试管婴儿的时候，基因筛查不合格。
2、技术限制
尽管目前的技术已经相当先进，并且具有高度可靠性，但是并不能完全排除技术上的限制。有时候由于实验条件、样本质量等问题，可能会导致结果不准确，从而出现不合格的现象。
3、低频率变异
一般来说，染色体异常并不是绝对的，有时候只存在于少数细胞中。这种情况下，三代筛查可能无法准确检测到染色体异常。
第三代试管筛查不合格的话，一般情况下是不能移植的，建议重新取卵培养。因为pgs筛查异常说明胚胎染色体数目或者结构有异常，这类胚胎移植存活率比较低，同时患有先天性疾病的可能性比较高，所以最好不要进行使用。
要知道，进行pgs筛查的目的就是在移植以前进行染色体遗传学筛查，保证得到健康安全的宝宝，提高试管婴儿的临床妊娠率，因此不合格就代表有异常情况，移植会导致胎儿发育异常，甚至出现停产流产的现象。
受精卵结合成囊胚后，三代pgs技术筛查出现染色体异常的概率是比较低的，年龄越大囊胚出现染色体异常的概率也会更大，囊胚pgs检测异常可以再多培养几个胚胎，选择健康的胚胎进行移植。
